Du kannst mit Microsoft CRM nicht nur Entwickler spielen sondern in der Tat auch richtig und sogar supportet entwickeln. :-)
Die Betonung liegt hierbei auf "supportet". Lade dir mal das Microsoft CRM 3.0 SDK herunter und schau dir mal die Möglichkeiten dort an. Alles was dort steht ist supportet, was konkret bedeutet, dass bei Microsoft darauf geachtet wird, dass ein CRM 4.0 dieselben Vorgehensweisen unterstützen sollte und ein Update möglichst schmerzfrei vonstatten geht.
Wenn du allerdings Dinge machst, wie du sie dir da offenbar vorstellst, dann kann das zwar im Einzelnfall auch funktionieren, ist aber nicht supportet und lässt sich vermutlich auch viel besser anders regeln.
Was für Anpassungen stellst du dir denn konkret vor?