Richtig, beim gestartetem CRM-Outlookclient verschwinden im Webclient einige Optionen. Das liegt daran, dass der Outlook-Client entsprechende Cookies speichert, die auch für den Webclient gelten.
Temporär reicht es aus, einfach die Cookies zu löschen. Langfristig sollte man über den Webclient den CRM-Server über eine andere URL erreichen als wie sie für den Outlook-Client verwendet wird.